پژوهشکده فناوری های سلامت در نظر دارد با بهره گیری از دانش و توانایی اساتید و پژوهشگران علاقمند بعنوان یکی از قطب های (علمی، پژوهشی و فناوری ) منطقه ای، ملی و بین المللی و با بسترسازی و انجام تحقیقات تخصصی پایه، بالینی و بین رشته ای پیشرو در ارتقاء سلامت جامعه و نیز با نوآوری و خلق فناوری در راستای اسناد بالادستی نظیر نقشه جامع علمی و سند چشم انداز بیست ساله کشور گام بردارد:

1) توسعه و به کارگیری دانش بشری بر اساس مولکولی بیماریها، فن آوری نانو و باروری - ناباروری

2) انجام پژوهشهای بنیادی، اپیدمیولوژیک و بالینی جهت اصلاح نظام ارائه خدمات داروئی، بهداشتی-  درمانی کشور به منظور جوابگویی به نیازهای جامعه

3) تدوین دستورالعمل های کاربردی سازی تحقیقات در زمینه علوم پایه پزشکی، فن آوری نانو و باروری - ناباروری (پیوند مراکز تحقیقاتی با صنایع)

4) همکاری علمی با مراکز تحقیقاتی و آموزشی سایر کشورها و سازمان های بین المللی با رعایت قوانین و مقررات دولت جمهوری اسلامی ایران